I 1954 blev Den Danske Sømandskirke Rotterdam grundlagt, hvor den danske og den svenske Sømandskirke boede under samme tag på Parklaan 5 i Rotterdam.
 

I 1962 blev Rotterdam verdens største havn, og det daværende selskab Dansk Sømandskirke i Fremmede Havne besluttede ved deres 100-års jubilæum i 1967 at bygge en selvstændig dansk Sømandskirke i Rotterdam.

 

I 1970 den 24 april blev den nye danske Sømandskirke indviet, og dette blev overværet af den danske konge Frederik IX, den hollandske dronning Juliana og prins Bernhard.

 

I 2004 fusionerede Dansk Sømandskirke i Fremmede Havne med Dansk Kirke i Udlandet (DKU) og blev til den private organisation Danske Sømands- og Udlandskirker (DSUK). 

DSUK udsender en præst og to assistenter fra Danmark til den danske sømandskirke i Rotterdam med formål at støtte søfolk sejlende under det danske flag og danskere i Nederlandene.

I 2013 - 2014 blev Den Danske Sømandskirke gennemgribende renoveret med midler fra Den A.P. Møllerske Støttefond.

​

Arkitekt bag kirken er Holger Jensen, som arbejdede sammen med en lokal arkitekt Niels Luning Prak, der menes at have danske rødder.